În lumea modernă există destul de mulți viruși mortali care provoacă moartea diferitelor creaturi vii. Astăzi în Kill The Microbes va trebui să lupți cu unele dintre speciile lor. Înainte de a vedea pe ecran, vei vedea mai multe microorganisme localizate în diferite locuri de pe terenul de joc. Va trebui să selectați una dintre ele și să faceți clic pe ea cu mouse-ul. În acest fel, injectați medicamentul și faceți ca bacteria să explodeze. Bucățile ei care se încadrează în alte microorganisme le vor distruge și veți primi puncte pentru acest lucru.