Un curajos samurai numit Kyoto trăiește în lumea pixelilor. Astăzi eroul nostru trebuie să călătorească în zone îndepărtate ale țării sale și să lupte acolo cu diverși infractori. Tu în jocul Pixel Samurai îl vei ajuta în acest sens. Samuraii tăi vor fi vizibili pe ecranul din fața ta, care se află într-o anumită zonă. Folosind tastele de control, îl veți face să alerge înainte. Uită-te la ecran cu atenție. Pe drumul eroului tău, vor apărea diverse obstacole și găuri în pământ. Când personajul tău se află la o anumită distanță de această zonă periculoasă, va trebui să-l faci să sară. Astfel, eroul tău va zbura prin aer prin acest pericol și va putea continua drumul său.