În timp ce investiga un alt caz, eroul jocului Mystery Subway Escape 2, detectivul Michael, a găsit o intrare secretă în stațiile de metrou abandonate. Puțini oameni știu despre ei. Nu vorbim de tuneluri tehnice, ci de stații care au fost cândva funcționale, dar dintr-un motiv sau altul s-au dovedit a fi închise și nerevendicate. Au rămas acolo niște echipamente, lucruri și obiecte care nu au fost aruncate pentru că ar putea fi totuși utile. Aici eroul nostru va căuta dovezi și apoi o ieșire, deoarece ușa în care a intrat a fost încuiată de cineva în Mystery Subway Escape 2. Se pare că îl urmăreau și au decis să scape de detectivul meticulos.
