În Japonia antică a existat un război constant între două caste ale războinicilor - samurai și ninja. În joc Ninja Runner se va lupta pe marginea Ordinului Ninja. Personajul vostru a primit ordinul conducătorului ordinului de a efectua recunoașterea într-o pădure, unde detașamentele samurai se pot ascunde. Eroul tău sa aruncat cu curaj în pădure și a alergat de-a lungul căii. Multe pericole și capcane îl așteaptă pe drum. Tu controlezi caracterul tău va trebui să-l facă să sară și să nu cadă în aceste capcane. Dacă întâlnești soldați inamici, va trebui să-i distrugi pe toți cu ajutorul unei sabie. Doar colectează diferitele elemente care intră în calea lui.
