Într-o lume uimitoare îndepărtată, trăiesc creaturi precum Pokemon. Ele sunt împărțite în grupuri care se închină spiritelor naturii. Odată, închinătorii spiritelor Focului și Apei au efectuat un ritual și au convocat aceste entități divine în această lume. Dar s-au dovedit a fi spirite foarte rele și au scăpat de sub control. Acum întreaga planetă se află în haos și se produc în mod constant dezastre naturale. Tu, în jocul Pokemon Emerald Version, va trebui să te lupți cu ei. În fața ta pe ecran vei vedea o anumită zonă în care vor fi amplasate personajele tale. Vor ataca de exemplu spiritul Focului. Le veți direcționa acțiunile folosind un panou de control dedicat. Cu ajutorul acestuia, îți vei forța Pokémonul să aplice diverse vrăji magice cu care își vor face rău adversarului.