Spider-Man are lucruri neobișnuite care se întâmplă uneori și mai ales în ultima vreme. Poate merge să doarmă în casa lui și să se trezească într-un loc complet diferit. Acesta este un fel de magie sau super tehnologie, trebuie să aflați înainte să se înrăutățească. În jocul Marvel Ultimate Spider-man Mystery City, tu și un super erou vă veți găsi într-un oraș misterios care nu este pe hartă. Cel mai probabil se află într-un univers paralel. Spider-Man vrea să înțeleagă cum este transportat în spațiu și de ce exact aici. Să te miști prin oraș. Este necesar să sari și să aterizezi exact pe plăcile albastre, altfel eroul poate fi rănit în Marvel Ultimate Spider-man Mystery City.