A devenit o bună tradiție ca supereroii din universul Marvel să iasă singuri împotriva unei armate de monștri. În Batman Commander, îl vei ajuta pe Batman să respingă atacurile monștrilor din spațiu. Creaturi foarte neplăcute, asemănătoare cu goblinii fabuloși, vor ataca atât din aer, cât și din sol. Pentru a nu deveni o țintă ușoară, eroul va fi în mișcare tot timpul, adică să alerge. Pe fugă, trebuie să trageți asupra dușmanilor care se îndreaptă spre sau atacă de sus. Dexteritatea și îndemânarea vă sunt necesare. Sarcina este de a câștiga numărul maxim de puncte. Eroul are trei vieți, numărul lor se reflectă în colțul din stânga sus. Când se confruntă cu un inamic, o viață dispare în Batman Commander.