Până acum, Mario trebuia să se ocupe doar de ciuperci malefice, melci și alți slujitori ai eternului său dușman Bowser. Dar acestea sunt doar flori în comparație cu ceea ce îl așteaptă în Super Mario Commander. Un atac insidios din spațiu a fost făcut în mod neașteptat asupra Lumii lui Mario. Creaturi teribile și vicioase, înarmate până la dinți, au făcut ravagii în regatul cândva pașnic. Mario va trebui să ia o armă serioasă și să joace rolul unui super erou. Și pentru ca el să reușească, ajuta-l pe instalator să-și stăpânească un nou rol. Este necesar să curățați platformele de pirați spațiali și să readuceți lumea pe pământ din nou în Super Mario Commander.
