În Regatul ciupercilor, din nou probleme, creaturi necunoscute în măști și haine au invadat țara, iar aceștia nu sunt oameni, ci aparent roboți care se opun tuturor ființelor vii. Sunt bine înarmați, iar armele nu au o origine terestră. Dar eroul nostru Mario nu este nici o dor în Super Mario Mission Impossible. El mânuiește un blaster puternic care trage un fascicul laser mortal pentru a distruge cu siguranță dușmanii neobișnuiți. Dar există un singur instalator și există mulți roboți, așa că grăbește-te în ajutorul lui și distruge-i pe toți cei care îl întâlnesc pe drum. Eroul se va mișca constant și este important să nu lăsați inamicul să se apropie prea mult în Super Mario Mission Impossible.