În lumea în care trăiesc oamenii de hârtie, astăzi va avea loc un turneu de luptă corp la corp. Tu, în jocul Paper Fighter 3D, vei putea lua parte la el. După ce ți-ai ales personajul, te vei găsi în arena pentru lupte. Vizavi de personajul tău va fi inamicul. La semnal, duelul va începe. Controlându-ți cu îndemânare personajul, va trebui să te apropii de inamic și să-l ataci. Infligând lovituri asupra corpului și capului inamicului, efectuând trucuri complicate, va trebui să resetați nivelul vieții sale și apoi să-l trimiteți la KO. Astfel, vei câștiga duelul și ți se va acorda un anumit număr de puncte pentru asta.