Ninja a decis să-și întindă picioarele și să alerge prin oraș strângând monede. În jocul Ninja Runner vei întâlni un erou și îl vei ajuta să organizeze parkour în oraș. Nu există înălțimi de netrecut pentru erou, poți da clic pe tip de mai multe ori și va sări pe orice vârf: o platformă, un turn și un alt vârf. După ce ați trecut prin nivel, puteți trece la altul, dar aveți grijă, pe noile niveluri vor exista obstacole suplimentare sub formă de vârfuri ascuțite pe care nu trebuie să sari pentru a nu pierde inimile vieții. Există din ce în ce mai multe obstacole ascuțite, ceea ce înseamnă că va trebui să fii foarte rapid și agil pentru a salva ninja de la pierderea vieții în Ninja Runner.