Călătorind prin Galaxie, un cercetător pe nume Tom întâlnește în mod constant diverse artefacte antice. Pentru ca eroul tău să ajungă la ele, el trebuie să rezolve diverse puzzle-uri. Tu în jocul Puzzle Galaxies îl vei ajuta cu asta. În fața ta, pe ecran, vei vedea un design care constă din cuburi. Fiecare dintre ele va fi împărțit în interior într-un număr egal de zone pătrate. În fiecare zonă veți vedea o minge de o anumită culoare. Folosind tastele de control, veți roti cuburile în jurul axei sale în spațiu. Sarcina ta este să setezi aceste elemente astfel încât toate bilele să fie aranjate într-o anumită secvență. De îndată ce faci asta, vei primi un anumit număr de puncte în jocul Puzzle Galaxies și vei trece la următorul nivel al jocului.