Apocalipsa se poate întâmpla din diverse motive, în jocul Apocalypse Run îl vei ajuta pe eroul care s-a aflat în centrul apocalipsei apărute ca urmare a răscoalei mașinilor. Inteligența artificială, a cărei apariție era atât de așteptată și atât de admirată pentru dezvoltarea sa rapidă, a decis că acum nu are nevoie de oameni. Mai mult decât atât, sunt chiar dăunătoare, pentru că fac totul greșit, se comportă adesea irațional, distrug mediul înconjurător și își ucid propriul fel. În mintea mașinii s-a format o credință puternică că omul este principalul rău de pe planetă și trebuie distrus. Astfel a început distrugerea sistematică a omenirii, iar eroul din Apocalypse Run vrea să evite acest lucru și îl vei ajuta să lupte cu roboții.
