Choo Choo Charles Revenge te duce pe insula Aranearum, unde un monstru teribil se dezlănțuie: un hibrid dintre un gigapider și un tren pe nume Charles. Un arhivar, un vânător de monștri, a reușit odată să învingă un monstru, împingându-l într-un tunel și calafatându-l cu un scut special de protecție. Dar a fost un eșec și Charles a reușit să se elibereze. El străbate insula căutând victime, iar tu trebuie să-l găsești. Achivarius este în vacanță, trebuie să lupți fără el, iar tu, spre deosebire de vânătorul de monștri, vei merge în loc să mergi cu trenurile. Căutați insula, găsiți monstrul și distrugeți-l în Choo Choo Charles Revenge.