Ninja tocmai se întorsese dintr-o drumeție și a decis să viziteze mănăstirea natală, unde a studiat și profesorul său preferat, care i-a oferit o cantitate imensă de cunoștințe și l-a învățat cum să-și controleze trupul și spiritul. I-a găsit pe călugări în deznădejde și mare frustrare. Cu o zi înainte, samuraii roșii au atacat mănăstirea și au furat o colecție de pietre antice cu rune. Acestea sunt pietre sacre care au fost păstrate în mănăstire de secole. Eroul nostru a jurat să returneze tot ce a furat și a pornit imediat în călătoria lui. Ajută-l pe eroul din Ninja Run să-și îndeplinească misiunea sacră. Ninja va alerga, iar tu îl vei ajuta să sară peste obstacole și peste inamici în timp, adunând pietre.
