Sonic are ocazia să se ocupe de vechiul său inamic Knuckles. Ariciul albastru a primit informații neașteptate despre locația adversarului său și intenționează să meargă acolo. Împreună cu prietenul și asistentul lor Tails, eroii vor merge pe insulă cu avionul. După aterizare, îl vor întâlni pe Knuckles, dar el va dispărea rapid. Trebuie să-l ajuți pe Sonic și pe prietenul lui să-l urmărească pe răufăcător. A plasat o mulțime de capcane pe insulă, astfel încât nimeni să nu-l poată ajunge din urmă, dar Sonic nu poate fi oprit, iar tu vei controla cu strictețe mișcarea eroului, împiedicându-l să intre în vârfuri ascuțite. Colectați inele, acestea vor fi întotdeauna utile eroului din Sonic 3 & Knuckles.
