Ninja au apărut în Japonia medievală și au servit ca spioni, cercetași și sabotori de recunoaștere. Purtau haine închise la culoare, își acoperiau fețele și operau în cea mai mare parte noaptea, mișcându-se în tăcere și îndeplinind sarcinile atribuite. Toți ninja stăpâneau arta ninjutsu. În esență, ninja sunt un tip de războinic folosit în operațiuni speciale, cum ar fi forțele speciale japoneze. Eroului jocului Ninja Speed Runner i se încredințează și o misiune secretă, așa că se mișcă rapid. Shurikenii zboară spre el, de care trebuie să se eschiveze și tu îl vei ajuta cu asta, forțând eroul să sară sau să se rață în Ninja Speed Runner.
