Eroul jocului Counter-Strike: Reboot va lua parte, cu ajutorul tău, la douăsprezece misiuni. Deoarece conținutul este ținut strict secret, obiectivele vor fi dezvăluite pe măsură ce finalizați misiunea anterioară. Primul se numește Alpha și sarcina ta este să respingi atacul teroriștilor care vor să-ți captureze baza. În alte misiuni va trebui să îndepliniți alte sarcini, cum ar fi: eliberarea ostaticilor, distrugerea bazelor teroriste, curățarea minelor și așa mai departe. Toate misiunile sunt limitate în timp, trebuie să rezolvi problemele rapid și eficient în Counter-Strike: Reboot.
