Curajosul ninja din Kyoto, la instrucțiunile șefului ordinului său, trebuie să meargă în Țările Întunecate și să găsească acolo artefacte străvechi. Tu în jocul Ninja vs Zombies îi vei alătura în această aventură. Eroul tău va trebui să treacă prin multe locații și să depășească diverse pericole. Hoardele de zombi cutreieră locațiile cu care eroul tău va trebui să lupte. Intră în luptă cu ei, eroul va folosi diverse arme. Distrugând morții vii, vei câștiga puncte și poți colecta și trofee care vor cădea din ele. Cu punctele pe care le obții, poți achiziționa diverse arme și muniții pentru personajul tău din magazinul de jocuri.