Ninja a studiat mult timp și, în sfârșit, a venit momentul să-și folosească cunoștințele și abilitățile în Dark Ninja Hanjo. Sensei și-a informat elevul că este pregătit să înceapă o viață independentă, dar, în același timp, fostului student i s-a cerut să îndeplinească o misiune foarte importantă de refacere a orașului. Misiunea va arăta cât de pregătit este eroul. Orașul este mistuit de întuneric, pentru a-l elibera, va trebui să lupți cu demonii sau cu războinici posedați. Ninja va putea arăta de ce este capabil. Primiți instrucțiuni de la profesor la etapa inițială, el își va însoți studentul, dar apoi trebuie să acționați pe cont propriu în Dark Ninja Hanjo.
