Jocul Alien Quarantine are loc pe teritoriul unui laborator secret unde se desfășoară experimente pe creaturi extraterestre capturate. Unul dintre extratereștri a reușit să se elibereze, i-a eliberat pe ceilalți și a început adevăratul haos în laborator. Eroul jocului Alien Quarantine este trimis la recunoaștere, dar se confruntă cu un inamic periculos. El trebuie să restabilească sistemul de securitate pentru a preveni pătrunderea monștrilor în alte sectoare. Pentru a face acest lucru, trebuie să activați mai multe dispozitive, deplasându-vă și trăgând, evitând atacurile extraterestre.
